En una mañana de espesa niebla, el auto en el que se trasladaba a dar misa fue arrastrado varios metros por un tren, falleciendo luego de unos minutos de agonía. Milagrosamente, el niño que lo acompañaba salvó su vida.
El historiador colonense Alejandro González Pavón describe el trágico hecho y sus repercusiones, a través del siguiente escrito:
La mañana del sábado 17 de junio de 1939, se presentaba con una neblina altamente notable. Parte con su auto particular desde la ciudad de Lucas González a Maciá, lugar en el que oficiaría una misa. El camino era sinuoso, la neblina no permitía ver más allá de unos pocos metros, pero había que considerar que en medio de ese trayecto, había que atravesar un paso de vía. Al llegar al lugar, intentando cruzar las vías, el tren que circulaba por ese lugar intercepta el auto provocando el fatal accidente. El auto es arrastrado unos cuantos metros debido a la velocidad en la que venía circulando el tren. Según se tiene conocimiento, el joven sacerdote no muere en el acto, sino que sobrevive uno minutos en estado de agonía. El niño que lo acompañaba, que oficiaría como su monaguillo, solo había sufrido unos rasguños por estar sentado del lado contrario al impacto de la locomotora.
La noticia no tardó en llegar a Colón. El dolor de toda una comunidad que pocos meses atrás había celebrado con entusiasmo y alegría una de las primeras ordenaciones sacerdotales que se realizaba en el templo parroquial, de un joven colonense que había nacido a metros de ese lugar, sembrando la esperanza en todo un pueblo por su juventud y por su cordialidad personal, era el testamento vivo en el cual el propio cura párroco de entonces, Pbro. Narciso Goiburu, había depositado en él, no solo por conocerlo de niño y compartir con él y su familia los desayunos, almuerzos y cenas, sino por haber sido él mismo el ejemplo de pastor que José María aspiraba a ser.
Los medios de la época, no solo locales sino provinciales, dejaron impresas en sus páginas el dolor y el despliegue de un sinnúmero de discursos y homenajes que tanto el pueblo de Colón, como sus compañeros de curso en el Seminario de Paraná, profesores, jóvenes de la Acción Católica y muchas instituciones más, emitieron en aquel triste día de junio del ’39 donde dejaron en claro que no solo despedían a un sacerdote joven, con pocos pasos, sino a un gran amigo, consejero y ciudadano comprometido en los lugares e instituciones que frecuentaba.
El dolor se implantó en la familia, y al poco tiempo de este trágico hecho, a pocos meses de diferencia, fallece su madre, Doña María Teresa Benzi.
Fue sepultado en el Cementerio de Colón. Sus restos descansan en el Panteón de la Familia Benzi.
