La frutilla del postre llegó casi un mes después, el 10 de junio, cuando el “Rojinegro” le ganó un recordado quinto juego a Argentino de Junín en el “Fortín” (97-91) y obtuvo el título de campeón, en duelo de equipos ya ascendidos. En la instancia previa el cuadro bonaerense había relegado a Echagüe, impidiendo que ambos entrerrianos ascendieran a la LNB y protagonizaran la definición.
Más allá de no haber partido como uno de los candidatos a pelear por los ascensos, aquel equipo de Central Entrerriano realizó una campaña magnífica y se tomó revancha de la final perdida como local ante Quilmes de Mar del Plata en la temporada 1998/1999.
Eran tiempos de TNA muy competitivos y con un formato que fue tradicional en los primeros años, más allá de que en la 2002/2003 hubo 14 equipos (no 16 como de costumbre) y se jugó sin extranjeros. Central logró rápidamente el objetivo de salvarse del descenso, metiéndose entre los cuatro mejores de la Zona Norte y accediendo al TNA-1. En la segunda fase hizo una campaña similar y en la última, tras vencer a La Unión en el clásico de la costa del Uruguay, obtuvo el cuarto puesto y el boleto directo a cuartos de final.
Ya en Play Off, el primer cruce fue nada menos que contra La Unión y allí los dirigidos por Fabio Demti se tomaron se impusieron 3-1, ganando el cuarto juego en 12 de Abril y Lavalle, escenario en el que había quedado eliminado en la Reclasificación de la 97/98.
Teniendo en cuenta que había dos ascensos en juego, las semifinales tenían gusto a final y allí Central Entrerriano se abrazó con la gloria al doblegar a Conarpesa de Puerto Madryn, que tenía uno de los mejores planteles de la categoría. Ganar el primer juego en el sur y hacerse fuerte de local le bastó al “Rojinegro” para quedarse con la serie (3-1) y subir por primera vez a la Liga Nacional.
Para coronar la mejor campaña de la historia del club, “Los Pibes”, como se denominaba al equipo, le ganaron la final a Argentino en un inolvidable quinto juego que se definió en suplementario en Junín, tras haber dejado pasar la chance en Gualeguaychú. El plantel campeón estuvo compuesto por: Gustavo Martin, Diego García, Germán Sciutto, Maximiliano Riolfo, Leonardo Segura, Eduardo Calvelli, Luis Pikaluk y Pedro Franco, más los juveniles del club.
Central Entrerriano jugó 5 temporadas consecutivas en la Liga Nacional siendo noveno en la 2003/04, décimo en 2004/05, sexto en 2005/06, decimotercero en 2006/07 y decimosexto y último en la 2007/08, perdiendo la categoría. Para la temporada 2009/2010 la dirigencia compró la plaza que puso en venta Independiente de Neuquén, pero el regreso duró un suspiro y el último puesto determinó no sólo otro descenso, sino también la decisión de no seguir compitiendo por motivos económicos y dirigenciales.
Tras varios años sin competir, Central Entrerriano volvió a la Liga Provincial en 2014 y en su primera incursión logró el título luego de vencer en la final a Juventud Unida, también de Gualeguaychú y subió al Torneo Federal, en el que estuvo por tres temporadas (en una perdió la final con Temperley) hasta ascender a mediados de 2019 tras superar a Lanús, siendo además campeón luego de ganarle la definición a Villa Mitre de Bahía Blanca.
