De la mano del histórico dirigente Carlos Delasoie, La Unión se metió de lleno en la competencia federativa a mediados de los ’80, época en el que el básquet argentino forjó su organización a nivel clubes. En las temporadas 1987, 1988 y 1992 logró ser uno de los entrerrianos que avanzó de la Liga Provincial a la Liga C para competir por el ascenso a la Liga Nacional B, en aquel momento Segunda división, aunque quedó eliminado en instancias preliminares. En la última de ellas quedó a las puertas del ascenso tras caer en la definición con Valle Inferior de Viedma. Esto le valió una invitación para jugar la 92/93 en la Liga B, ahora Tercera división, detrás del flamante TNA. Lejos de tomarlo como una temporada de adaptación fue un gran protagonista y llegó a la final pero cayó ante Mendoza de Regatas.
Al quedar una de las plazas del TNA vacante, los Rojos fueron invitados a sumarse a la Segunda división en la 93/94 para arrancar una seguidilla de 11 temporadas consecutivas de gran suceso, en las que fue habitual animador de la Zona Norte y salvo algunas excepciones se metió entre los 8 mejores del certamen. Sus tres mejores registros fueron las semifinales de la 94/95 (Mendoza de Regatas volvió a ser su verdugo), 99/00 (ante Belgrano de Tucumán) y 01/02 (frente a Gimnasia de La Plata).
Luego de unas campañas en las que tuvo muy buenos planteles pero no logró los resultados esperados, la dirigencia decidió poner en venta la plaza y formalizó un acuerdo con Estudiantes de Formosa, naciendo La Unión de Formosa.
El regreso al plano provincial, en el que siguió compitiendo con un equipo de juveniles e incluso fue campeón en 1998 durante su estadía en el TNA- no fue sencillo y luego de unos años de adaptación (2005 y 2006) empezó a ganarse un lugar entre los protagonistas. Fue finalista en 2007 pero se topó con un gran Estudiantes Concordia que iniciaría una década gloriosa. Pero tuvo revancha en 2008 y barrió con Sarmiento de Villaguay.
La estadía en la Liga B apenas duró una temporada y a pesar de no haber hecho una mala temporada 08/09 terminó descendiendo. Pero regresó rápido: en 2010, ante Atlético Tala, obtuvo su tercer título de la Liga Provincial y volvió a la Liga B, que en la 11/12 pasó a llamarse Torneo Federal.
Con una campaña brillante y una final ganada 3-0 con dos victorias de visitante ante San Lorenzo de Chivilcoy, La Unión se quedó con el primer TFB y volvió al TNA. Lo jugó desde el 12/13 al 18/19, siete temporadas seguidas, pero lejos de los primeros planos. Esto llevó a la dirigencia a tomar la decisión de poner en venta la plaza y regresar al TFB (hoy Liga Federal), donde debutó con poco suceso en la 19/20 que fue cancelada por la pandemia. Dejó pasar la 21 de Transición apostando a la infraestructura y en este 22 regresó con todo para lograr otro ascenso.
