Cuando aún masticaba la bronca por la final perdida ante Mendoza de Regatas en la primera edición de la Liga B en la temporada 1992/1993, La Unión fue invitado a participar del Torneo Nacional de Ascenso 1993/1994 tras la renuncia de Personal de Cosecha de Resistencia. Ahí comenzó una historia que seguirá sumando capítulos dentro de un par de semanas.
Duró 11 temporadas la primera estadía del Rojo en la Segunda División hasta que la dirigencia tomó la decisión de vender la plaza al término de la campaña 2003/2004. En ese lapso se sucedieron las mejores campañas del club en la categoría arribando a 3 semifinales.
De la mano de Pablo Columba, quien conducía al equipo desde la Liga B, La Unión se metió por primera vez entre los 4 mejores en la temporada 1994/1995 siendo eliminado (1-3) por Mendoza de Regatas, tras una gran fase regular (19-9) y dejar en el camino con un forzoso 3-2 a Gimnasia y Esgrima de La Plata en cuartos de final. En aquel conjunto sobresalían Calvester Ferguson, Alejandro Coronel, Gustavo Coissón y Germán Calvo.
Tras unos años de luchar por la permanencia, los Rojos volvieron a ser protagonistas en la 99/00 pese a caer sorpresivamente al TNA 2 al cabo de la Primera Fase. Esto llevó a tener que remontar dos series complejas ante Independiente de Zárate (3-1) y Ben Hur de Rafaela (3-2, luego de ir 0-2 abajo). Belgrano de Tucumán -que lograría el ascenso al vencer a Gimnasia- le puso freno en el cuarto juego (3-1) a la ilusión colonense guiada por José Podskoc y a un equipazo que tenía a Paolo Quinteros -antes de dar el salto a la LNB- y Mario Romay en media cancha, y al ala pivote norteamericano Raymond Wayts.
La última vez que La Unión se arrimó a la etapa decisiva fue en la 2001/2002 y se topó con el tremendo Ben Hur de Rafaela dirigido por Guillermo Narvarte en el que sobresalían Storani, Legaria, Delset, Posseto y el norteamericano Cantrell, que no solo barrió esa serie sino que hizo lo mismo en la final ante Ciclista. Gran campaña del Rojo, que pasó derecho a cuartos de final y dejó en el camino en el quinto juego a Central Entrerriano. Gabriel Piccato fue el técnico y las principales figuras: Mario Romay, Eduardo Villares, Maxi Riolfo, Maxi Morel y el norteamericano Harry Hart, que se lesionó antes de las semifinales y resultó una baja determinante.
Tras batallar casi una década en la Liga Entrerriana -donde logró dos títulos-, La Unión regresó al TNA en la temporada 2012/2013 siendo el primer campeón del Torneo Federal, que reemplazó a la Liga B. Con Martín Guastavino en el banco y la base que lo devolvió a categoría (Brian Díaz, Sebastián Taffarel, Jorge Chahab, Mariano Mazzini) a los de Colón les costó hacer pie -hubo dos cambios de entrenadores: Tato Rimoldi y Ariel Amarillo sucedieron a Guastavino- y no llegaron a la postemporada.
En los años posteriores, La Unión se fue amoldando como pudo a una divisional cada vez más exigente desde lo económico, con más de 30 equipos, habitualmente sin descensos y apenas un ascenso a la Liga Nacional. El fin del segundo ciclo se dio al término de la 18/19 cuando presentó un muy joven plantel dirigido por Marcelo Macías. La mejor campaña en este período fue en la temporada 14/15 quedando eliminado (0-3) en 4º de final de la Conferencia Norte por Instituto dirigido por Santiago Rimoldi primero y Damián Gamarra después, y una base que tuvo a Kevin Jerez Piloti, Juan Rodríguez Suppi, Sebastián Álvarez, Eric Flor, Facundo Mendoza y Emilio Domínguez.
Goleadores históricos
Mario Romay en cantidad (3854 puntos) y Calvester Ferguson en promedio (20,7 por juego) son los dos máximos anotadores de la historia de La Unión en 2º división. Ambos disputaron 6 temporadas y fueron determinantes en cada uno de los planteles que integraron.El Top 10 de puntos totales lo completan: Germán Calvo (2419), Alejandro Coronel (1531) -en 2 temporadas y media-, Facundo Mendoza (1459), Paolo Quinteros (1434) -con apenas 2 torneos como titular-, Ricardo Andrioli (1337), Maximiliano Morel (1301), Mariano Mazzini (1278) y Cristian Balcells (1054).
El goleador formoseño, Romay, es el jugador con más presencias del Rojo en el TNA con 205 encuentros. Muy cerquita quedó Ricardo Andrioli (199) y unos pasos detrás Germán Calvo (186). También superaron la barrera de los 100 juegos: Calvester Ferguson (173), Maximiliano Morel (161), Facundo Mendoza (158), Jorge Pautasso (119), Pablo Bilat (112 y en la actual plantilla), Cristian Balcells (108), Cristian Champú Paredes (102) y Brian Oso Díaz (101).
Por último, el base local Maximiliano Morel es el jugador que más temporadas (8) vistió la camiseta del club en la divisional. Una menos sumó Brian Díaz. En 6 ocasiones lo hicieron: Romay, Ferguson, Calvo, Andrioli y Carlos Laurido.
