Reorganizando el mapa futbolero del ascenso de los equipos indirectamente afiliados a AFA, para mediados de 1995 se reemplazó el Torneo del Interior –que desde 1986 había pasado a ser el escalón medio entre las ligas y el Nacional B- creándose el Torneo Argentino A y el Torneo Argentino B.
El Torneo Argentino A pasó a ser una categoría estable (similar a la B Metropolitana para los equipos directamente afiliados) con ascensos al Nacional B y descensos a las ligas de origen. Su primera edición contó con 32 equipos (hubo invitaciones a equipos o ligas que jugaban con frecuencia el Torneo del Interior) y tres de ellos fueron entrerrianos: Patronato de Paraná, Gimnasia de Concepción del Uruguay y Ferrocarril de Concordia.
Por su parte, el Torneo Argentino B adoptó el formato que utilizaba el Torneo del Interior y anteriormente el Torneo Regional: lo jugaban los campeones o clasificados de las ligas o federaciones y su permanencia dependía de ir avanzando etapas.
Hasta la siguiente reestructuración en la temporada 2004/2005, el Torneo Argentino B disputó 9 ediciones con buena representación provincial: hubo 9 equipos en cinco de estas ediciones, y tuvo un pico de 14 y 12 conjuntos en los torneos 2000/01 y 2001/02.
Durante este lapso no hubo ascensos de los clubes entrerrianos al Torneo Argentino A, aunque sí, como sucedió en la etapa del Torneo del Interior (86/87 a 94/95) hubo muy buenas campañas de equipos que dejaron su huella por más que no lograron el objetivo.
Después de acentuar su potencial con varios representantes en la etapa de esplendor del Torneo Regionalito de la Federación Entrerriana, el fútbol de Gualeguay tuvo su primera gran campaña a nivel nacional de la mano de Barrio Norte en la edición estreno 1995/1996.
Dos etapas de grupos y un par de play off eliminatorios (Santa Rosa de Chajarí y Gimnasia y Esgrima de Santa Fe) atravesó el Rojiblanco para meterse en la Etapa final, donde cayó en semifinales (1-5 el global) con Almirante Brown de Arrecifes, uno de los ascendidos al Torneo Argentino A y un par de años después al Nacional B.
El segundo entrerriano en dar la nota fue Unión de Crespo en la campaña 1997/1998, ganando la ronda de grupos y postergando justamente a Barrio Norte –por penales- en un mano a mano para saltar a la Fase Nacional.
El representante de la Liga de Paraná sorteó dos cuadrangulares como segundo de grupo y se metió en la Fase Final donde estaban en juego un ascenso y un boleto al reclasificatorio. Pero concluyó tercero, detrás de Barraca de Paso de los Libres y Liniers de Bahía Blanca, quedando en cuarto lugar la Comisión de Actividades Infantiles de Comodoro Rivadavia.
Victoria de Concordia también dejó su marca en la temporada 1999/2000 atravesando las rondas preliminares y llegando a la Cuarta Fase, la preliminar a los cuadrangulares donde se definían los ascensos. Lo mismo sucedió con Unión de Crespo, de otra buena intervención en la edición 2000/2001.
Un histórico como Atlético Uruguay sumó continuidad y muy buenos números en los comienzos del nuevo siglo: hizo un gran recorrido en la 2001/2002 y llegó a la Etapa Final, pero quedó tercero en un cuadrangular final a un punto de Talleres de Perico (ascendió) y San Cristóbal de Santa Fe (promoción). Y en la 2003/2004, última antes de que el Torneo Argentino B pasara a ser categoría estable, fue eliminado (1-2 el global) en semifinales por Atlético Candelaria, quien a la postre conseguiría el ascenso.
Atlético Uruguay fue el equipo de mejor rendimiento y con mayor cantidad de partidos jugados en esta etapa (1995 a 2004) con 103 puntos en 56 partidos al cabo de 4 participaciones.
Sólo con un par de intervenciones, Unión de Crespo (85) y Universitario de Puiggari (75) se subieron al podio de puntaje por sus muy buenas performances, seguidos por Victoria de Concordia (67) y Barrio Norte de Gualeguay (54).
Tres veces lo disputaron: Sportivo Urquiza de Paraná, Atlético Hernandarias, Libertad de Gualeguay, Central Larroque y Las Flores de Federal.
En dos oportunidades jugaron el Argentino B: Unión de Crespo, Universitario de Puiggari, Barrio Norte, Santa Rosa de Chajarí, Patronato, Wanderer’s de Concordia, 1º de Mayo de Chajarí, Talleres de Federal, Defensores del Sur de Federal, Urquiza de Gualeguay, Social Federación y Viale FBC.
Finalmente, con una participación: Las Heras de Concordia, Deportivo Strobel, Ateneo de Federal, Cultural de Crespo, San Jorge de Villa Elisa, Independiente de Villa del Rosario, Campito de Colón, Tiro Federal de Gualeguaychú, Independiente de Hernandarias, Engranaje de Uruguay Defensores de Colón, Gualeguay Central, Unión Alcaráz, Rivadavia de Uruguay, Juvenil del Norte de Gualeguaychú, Don Bosco de Paraná, Deportivo Bovril, Colegiales de Concordia, Santa Rosa de San José, Deportivo Urdinarrain, Atlético Villa Elisa, Belgrano de Paraná, Atlético Hasenkamp, Sarmiento de Gualeguaychú, Seguí FC y Ñapindá de Colón.
